La ciudad de Confloenta prosigue su ocupación en época tardoantigua, a partir del siglo V d.C., y en época visigoda, aunque el asentamiento tardoantiguo en la ciudad es mal conocido. Las prospecciones arqueológicas señalan la restricción del espacio urbano de Confloenta desde el siglo V d.C., para concentrarse la ocupación de la ciudad en época tardoantigua, durante la Monarquía Visigoda (entre los siglos V y VII d.C.), en el sector central y suroccidental de la meseta de Los Mercados.

Al sur del yacimiento se sitúa la iglesia románica de Nuestra Señora de la Asunción (del siglo XIII), junto a la cual se localiza la necrópolis tardoantigua ("visigoda"), considerada la necrópolis de mayor extensión excavada en la península ibérica. Este cementerio, así como los materiales detectados en el yacimiento, testimonian la continuidad de la vida en la ciudad al menos hasta el siglo VII d.C.

Confloenta se abandonará a inicios del siglo VIII d.C., en favor de la reocupación del solar de Sepúlveda, donde se desarrollará la villa medieval que ejercerá la capitalidad del alto Duratón en las épocas medieval y moderna.