La ciudad de Confloenta surgió como fundación ex novo en un emplazamiento en llano en el paraje de Los Mercados, sobre la terraza fluvial situada junto a la confluencia de los ríos Duratón y Serrano. El interés de Roma por lograr un mejor control de la población procedente de la Sepúlveda celtibérica y de otros oppida del entorno, así como por asegurar un acceso óptimo a la campiña y a las comunicaciones, determinó que no se valorara de nuevo una posición en altura para emplazar la nueva fundación. La elección de un terreno llano (in planum extruere), sin grandes dificultades topográficas, habilitó la ejecución de una planificación ordenada basada en un esquema urbanístico regular, desarrollado por Roma desde el siglo III a.C. tras la conquista de la península itálica, y desde el siglo II a.C. en los ámbitos celtibéricos de los valles del Ebro y del Duero. Se creó así una estructura adecuada para el desarrollo de una ciudad constituida como caput civitatis.

Mapa de la ciudad romana de Confloenta y su entorno periurbano (Martínez Caballero 2014).

La prospección arqueológica intensiva en Los Mercados señala una ocupación en época romana que alcanzaba una superficie de hasta 70 hectáreas en su radio urbano, llegando a las 111 hectáreas si se consideran los ámbitos suburbanos. La trama urbana reticular central de Confloenta adopta la forma de un polígono irregular que se extiende hasta el sinuoso borde de la meseta, donde el terreno natural desciende hacia el río y el actual pueblo de Duratón.

Esta retícula central se articula en función de tres decumani principales (calles con trazado este-oeste) y más de una veintena de kardines (calles con trazado norte-sur), que se cruzan generando insulae o manzanas regulares. Curiosamente, estas vías no se cortan en ángulo recto, sino formando ángulos de 65º, lo que define una retícula no ortogonal con manzanas de planta trapezoidal; una solución adoptada por cuestiones topográficas y para facilitar el saneamiento. El Decumanus II, en el centro de la ciudad, constituye el Decumano Máximo, con una longitud de 660 metros. El Kardo XII, de 375 metros de longitud, conforma a su vez el Kardo Máximo. Ambos ejes principales se cruzan en el Foro, ubicado en la zona central de la ciudad.

La prolongación del eje longitudinal del Decumanus II hacia el oeste generaba el tramo inicial de una calzada que enlazaba Confloenta con Cauca (Coca, Segovia) y Pintia (Las Quintanas, Padilla de Duero, Valladolid) al norte. Por el sur, el Kardo XII conectaba con la vía que se dirigía hacia el sureste del territorio hasta Complutum (Alcalá de Henares), atravesando el paso de Somosierra, y con el camino que por el suroeste comunicaba la ciudad con Segovia. A su vez, las calzadas procedentes de Termes (Tiermes, Soria) desde el noreste, y de Clunia y Segontia Lanca (Langa de Duero, Soria) desde el norte, se unían poco antes de alcanzar la urbe.

En la zona central se situaban los espacios públicos principales, entre los que destacan el Foro municipal y las Termas del Foro. En el extremo sur se colocó un segundo edificio de baños: las Termas meridionales (o de Fortuna). Otro espacio público destacado es el Foro pecuario, un mercado ganadero destinado a ferias y esparcimiento social situado en el margen nororiental de la ciudad; su ubicación periférica permitía el fácil acceso de los rebaños desde las cañadas reales y evitaba comprometer la limpieza e higiene del núcleo urbano. Al norte de la ciudad, la fotografía aérea ha detectado un gran recinto cuyos lados miden aproximadamente 180 y 165 metros, en cuyo interior parece disponerse una estructura muraria de 60 x 50 metros, un espacio que por el momento resulta de difícil interpretación arqueológica.

Asimismo, se han explorado de forma limitada algunos espacios de viviendas en las zonas central y sur, así como una villa suburbana en el margen meridional, sobre la cual se levantará en el siglo XIII la iglesia románica de Nuestra Señora de la Asunción. La ciudad contaba además con un acueducto, conocido de manera indirecta por el hallazgo de tuberías de plomo del sistema de distribución urbano, cuyo trazado exacto está aún por descubrir. Otras infraestructuras destacadas son las cloacas, detectadas en varias partes de la ciudad para garantizar la evacuación de aguas y la salubridad pública. Finalmente, en las áreas periféricas y periurbanas se localizan diferentes espacios industriales, mientras que al sur se sitúa la gran necrópolis y al oeste un santuario dedicado a una divinidad femenina.